小托勒密南征库施王国带了3000马其顿骑兵、3000尼罗河骑兵、3000努比亚骑兵、3000努米底亚标枪骑兵、3000法老卫队、2000伙友步兵、3000方阵枪兵、5000尼罗河长枪兵、5000努比亚长矛兵、3000努米底亚弓箭手、5000复合弓手。大军沿着尼罗河从库施最北面的帕科拉、塞拉两郡开始攻击，库施的城镇基本都是沿着尼罗河两边建的，因为除了两岸以外，几乎全是沙漠和偶尔的绿洲。行军最大的阻力来源于沙漠气候，非战斗损失远远大于战斗损失，努比亚人和埃及人的耐受力要远远强于其他民族的军队。而由于通往麦罗埃的水路拥有五个瀑布，因而小托勒密只能率领大军走陆路，分为两支部队，分别从两岸沿尼罗河往上游进攻。
在公元前311年中旬的时候，小托勒密在第四瀑布左岸的地方遇到库施王国的主力，他冒险派了善于沙漠行军的5000柏柏尔人和努比亚人穿过沙漠来到了第四瀑布以南的马鲁地区，切断了库施大军的补给线，而正面战场上，小托勒密避其锋芒，不与对方作战。而急于寻求决战的库施人在追击未果之后也不敢再追，只得南下打通补给线。
这时候小托勒密又紧随其后，不给对方单独歼灭先遣队的机会。而先遣队在得手后继续南下，由于各地的驻军基本被抽干了，因此南下很顺利，进行了坚壁清野，只留给当地居民五日的口粮，其余都打包带走了。这样库施军队就更困难了，不得已之下，他们派出了大部分骑兵追击小托勒密的先遣队。而日夜都在打探库施大军消息的斥候在发现情况后禀报了小托勒密，认为时机已经成熟的他立马通知对岸的军队强行军2帕拉桑，然后渡河对库施主力进行两面夹击。
最后，右岸的部队在哈希姆地区渡河，两路大军和库施主力在马鲁地区最南端进行了大决战，少了大部分机动部队的库施军队非常不灵活，在小托勒密的两面夹击下只能摆成圆阵龟缩起来无法动弹。
小托勒密并没有强攻，而是打起了心理战，让人去进行劝降。并在阵前架起了炉子和烤架进行炖肉和烤肉，放入胡椒、肉桂、安息茴香（孜然）等。特别是放入安息茴香的烤羊肉，那香味真是绝了，简直要把对面的库施人给馋哭了。眼见军心不稳，库施主将只能主动发起进攻。主动发起进攻的库施军队很快就露出了缺口，小托勒密亲自率领圣骑兵从西面突破缺口后，随着大量骑兵的涌入，库施军队的方阵一个接着一个地崩溃，最终大败投降。
稍事休整之后，留下5000人，把这些被没收了武器并被串绑起来的多俘虏押送到上埃及，接下来他们所面对的就是几年的劳逸。而库施骑兵也没有消灭小托勒密的先遣队，纯骑兵根本无法对付善于弓箭和标枪的柏柏尔人加上善于长矛作战的努比亚长矛兵的组合。在获知主力大败之后旋即灰溜溜地逃跑了。
十多天后，小托勒密的主力近三万人兵围麦罗埃。主力尽损之下，库施人把周边的军队都集中到了麦罗埃，勉强达到了2万人。但两万人的兵力而且大部分是地方军，不足以支撑对抗亚历山大帝国的正规部队，虽然小托勒密的这支部队也是东拼西凑起来的，但好歹不是正规军就是雇佣军，战斗力在帝国内不入流，但对外却算是一支精锐之师了，最起码在纪律和韧性上面还是很强的。
麦罗埃并没有坚守多久，半个月后，小托勒密就攻破了麦罗埃城，俘虏了麦罗埃王室的大部分人员，只有一小撮残余部队带着他们的小王子逃往了南部的阿卢特。
小托勒密没有派军队前往阿卢特，只是派斥候前往探查情况，必要的时候再出兵灭之。消息很快就传来，阿卢特的王畏惧亚历山大帝国的兵锋，直接将数百前来投奔的库施残余部队悉数斩杀，小王子的头颅更是被献给了托勒密。
至此，原本仅次于菊花王朝（2684年—）、潘地亚王朝（1800多年）、朱罗王朝（1500年左右），存在了1300年的库施王国就此灭亡（历史上，阿克苏姆王国埃扎纳于公元350年率兵沿阿特巴拉河而下灭亡库施王国），寿命折半。
“真是一群野蛮人，谁让他们随意处置的，要让他国知道了，岂不是都要觉得帝国霸道蛮横、残忍嗜杀！”小托勒密愤怒道。
于是，一场针对阿卢特的战争开始酝酿了。自以为讨好能获得小托勒密好感的阿卢特人做梦都没有想到换来的却是亚历山大帝国的无情讨伐。
阿卢特位于库施王国以南，以阿尔瓦（即后来的喀土穆）为首都，处于青白尼罗河交汇处。青尼罗河在与白尼罗河汇合前的河床中央有一小岛叫“土堤”，将青尼罗河一分为二，南边一股水在小岛南侧同白尼罗河相遇，向前流去，又在小岛北端同其另一股水汇合，青白尼罗河由此合二为一，称为尼罗河，然后一直向北流往埃及。
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